WaterPro draait om processen. De basis van WaterPro bestaat uit een workflow engine, waarin alle processen binnen de applicatie in te regelen zijn. Het is immers van groot belang dat de gebruikers hun eigen werkprocessen in de applicatie ondersteund zien. Door de flexibele opbouw van WaterPro zijn aanpassingen snel te realiseren.
 
Door middel van de workflow wordt bepaald hoe de applicatie zich gedraagt. Hierin wordt onder andere ingeregeld welke stappen er op elkaar volgen, welke informatie ingevuld moet worden om verder te kunnen, welke documenten er geladen worden in een bepaalde processtap, welke tekst er getoond wordt op basis van gemaakt selecties en wie een welke taak toegewezen krijgt bij een geselecteerd type vergunning. Tevens draagt de workflow zorg voor een gedeelte van de beveiliging van de gegevens, het is eenvoudig in te regelen wie welke informatie mag inzien, wijzigen of verwijderen.