Vaak vindt de inzet van vergunningverlening en handhaving plaats zonder duidelijke prioritering. De mate waarin toezicht wordt uitgevoerd is gebaseerd op een toekenning van een controlefrequentie per branche zonder een duidelijke onderbouwing. Het risico voor de waterkwaliteit speelt daarbij nauwelijks een rol. Het nadeel hiervan is met name dat er geen sprake is van risicobeheersing en dat de bijdrage aan de verbetering van de waterkwaliteit onbekend is.
Met behulp van de module Prioritering van WaterPro kan het waterschap bepalen waar het een bepaalde periode de focus op moet leggen. Op basis van clusters, categorieën en het aantal overtredingen wordt het risicoprofiel van een locatie of een bedrijf bepaald.Handhaving kan door deze profielen de bezoekfrequentie bepalen en hierdoor efficiënter optreden.